生活太美好了，果蝇考完了，老板去夏威夷了

I was like living in the library when I was having the fly genetics exam...其实不是这样滴，比如Perkins的cheesecake太好吃了，tweenie的turkey sandwich，tuna wrap，还有那个spinach&mushroom burrito，麦当劳早晨六点的早饭，Perkins的加了巧克力和cream的咖啡嗯。。。

学术一下的，来之前我觉得UPGG其实还是挺好的，虽然UNC的Jason Lieb实验室太梦幻了。我觉得从103个实验室里找到一个融合chromatin, non-coding sequence, evolutionary biology, host-pathogen interaction的project也不是没有希望的，没有的话就自己YY一个；来之前我觉得我的Google Reader可以不停留在1000+加星标注的；来之前我觉得我可以读Brown&Goldstein for fun；来之前我觉得换个地方我就可以过得不那么舒服了。。。

老板说有些人喜欢做老鼠，是因为他们喜欢这样。。。（做抚摸动物毛状）；老板说我做了40年budding yeast是因为我impatient，是因为有时候做一个东西时间越长，难免觉得comfortable。。。师姐说她的曲线像个batman，老板说有点不够significant。。。老板说来我来给你解释棒球，你看这个你看那个，我说这个运动training起来也太没氧了。。。

我喜欢听着曾轶可work out

I'm a bisexual。。。有人听见不？我come out了

为什么我无比想念不美好的生活，比如在晓晨王实验室挑线虫的日子，比如在BNU上课的日子，为什么现在生活如此美好。。。

为什么我可以睡很多觉了

为什么我不能够看一部新电影比如加勒比海盗

为什么我想要买南瓜来布置家

为什么我想回家但是不想回中国，即使有肉粽子有灌汤小笼包有热干面有四喜烤麸

为什么我一见到黑板和粉笔，白板和marker就想写囧，话说Jones和Carl我写了很多了，再话说这Carl是Clinic and Research Laboratory，很多fungi lab都在这个楼里

我想起来xhr说将来我什么什么的都用拼音，外国人看不懂，我就用拼音在fly crosses的黑板上写了shikelangdaociyiyou

什么时候QQ有了好友印象，什么时候老婆说我过动物园而不入

什么时候我跟肌肉师姐说话不脸红

什么时候我跟你再也不别扭

什么时候此时此刻正在申请的小朋友们来join我们

什么时候美国像新加坡一样可以半夜3点出去遛达

什么时候我会做水煮肉片，更重要的是想买到辣椒酱的时候就可以买到

今天开始写作业，今天开始struggle shit human genetics，今天开始talk to people n set up UV treatment survival rate and elevation of reciprocal crossovers实验

师姐A要毕业了，说please do use my canavanine plates, use all of them
师姐B要毕业了，但是从12月延到了明年6月，她说现在have her life and dog back了。。。但是实验好像永远也做不完
实验室有91年就跟着老板的三个哼哼小声说老女人，都无比漂亮
实验室有做了10年博后的中国博后
实验室有刚开始做博后想当faculty的中国博后
实验室有刚拿到1，000，000 grant的know everything about everything的博后
实验室有回了波兰就没签证回来的一直在签证和度假的博后

我的第二个rotation呢？还做不做microRNA，外加该实验室microarray的强壮背景？做不做bioinformatics，在fungi里？还做不做线虫，阿根廷帅哥的innate immunity？做不做Cryptococcus neoformans？做不做population genetics？做不做生化？

什么都喜欢，就都没所谓了吗？
为什么我总是不想回去一个地方，只想换到下一个地方？
我理解我老婆XX的时候，gs说的性与爱无关，我的陪伴也与爱无关，你那么孤独那么茁壮你要我干什么
然后我想起来yy老婆说这个蛤蟆很矫健
我觉得我挺被动的，谁说我有主见的

我有个焖骚的男朋友

其实不可能不想，我说我喜欢重复然后看yaoseng那个陈凯歌张艺谋黑泽明还有谁忘了的文章
从上周日到现在这个时差很别扭呀而且永远饿。。。不睡了一会直接去自习了
算不算是申完了折腾那么大动静就这么可怜巴巴的三个学校
不爱写邮件到底去不去TLL年会毕设去哪
逃不掉的也没心情想拿起来挪威的森林还是看Greader的Nat XX了，所谓报应所谓阴影其实都是自己觉得越重要就越重要，我在学习的时候明明是越容易抽象化的学得越轻松，需要形象化的就非常笨拙比如文字和生物，为什么记忆的散点图全是画面，如果是被抽象过的至少总有一天可以还原不回去，那些夜晚的声音那么清晰，还有忘记过的她的脸

我还是适合好好学习好好做实验嗯老乌龟早就说过倒是

下周一是个解脱

非常依赖实验室的归属感，就好像回到了小学奥数那些不用上课的下午

PS我看到小彩虹的博客就会想起来初中军训正步的时候脚一直抖一直抖，她在旁边笑。。。然后想到如果这些blog的文章被老师当好周记，让大青蛙自己上去读的抑扬顿挫，然后就是song，ZJY，JD和我挣扎在LSAT里的老婆的声音

我不积极不向上，我总想换地方，我想好好练琴了，我想学小提琴
已经不是1米70，45kg的小孩子了，可是像那个时候一样分不清骗没骗自己
一轮乱试留下来的自知带来的信心早就用完了，差别是我承认我永远当不了加菲猫

蹦出来一个词：verge

2005年12月还是2006年1月的某一天跟kid发现了emuch，从ClaI切不开老师说换pBSK那次就开始有点BS这种网站了，不过还是有点怀念当年的激动，PSPSPS……当年zhaobo组会说的PS我都听成了PIs，还以为是磷脂酰肌醇，操

小木虫出品---用户miRNA的作品：

Nature

 

20050127

“无尺度”网络的共同特点
“无尺度”网络，如互联的网页、社会团体中的人、或细胞和蛋白相互作用网络，表现出不均匀的连接性分布，即每个节点没有典型数目的链节。这些网络中有很多还展现出“小世界”效应，在社会学上被称为“六种程度的分离”。对这种网络所做的一项新的分析（在此项分析中，节点被分隔进不同大小的盒子内）显示，它们有一个令人吃惊的共同特点，即自我相似性。换句话说，这些网络是按照不同长度尺度或“不同分离程度”由自重复模式构造成的，类似于几何学中的不规则结构。这一发现可帮助解释这种网络的无尺度性质是怎样出现的。

 

20050203

大肠杆菌的蛋白-蛋白相互作用网络
研究人员将有关大肠杆菌（E. coli）中原态蛋白-蛋白相互作用的蛋白组分析研究与蛋白质谱研究相结合，发现了一个相互作用网络，由对细菌生命非常重要的蛋白组成。该网络是高度保留的，能为了解核心细菌过程、演化限制因素的性质、以及合适的抗菌药物的新作用目标提供线索

 

20050217

微RNA及其表达
关于微RNA（miRNA）的新的研究工作为了解人体中的组织特异性基因表达提供了线索。微RNA在植物和动物中的作用是调节基因表达。对含有miR-124（一种微RNA，优先表达在大脑中）或miR-1（存在于肌肉中）的人类细胞中表达的信使RNA（mRNA）所做的微阵列分析表明，两种微RNA会改变这些细胞中的表达情况，使其与微RNA“主”细胞中的表达一样，而不管它的最初来源是哪里。这一点是通过降低大量目标mRNA转录的水平（即所谓的“下调”）以及降低所生成的蛋白质的数量来做到的。

20050324

线虫的基因筛选研究
要将由基因组测序工作所产生的大量信息变成关于基因的生物功能的知识，需要进行本期Nature上所报道的对线虫（Caenorhabditis elegans）所做的那种规模的筛选研究。该项目识别细胞分裂所需的基因，采用基因组范围内的RNA干涉来阻断基因组中98%的基因的表达，然后通过“差异干涉对比显微方法”拍摄4000幅以上影像，并对其进行观察，搞清哪些基因图像影响了受精后前两轮的细胞“有丝分裂”。这些早期阶段的胚胎生成需要650个以上基因。

 

20050407

人类2号和4号染色体全面注解
本期Nature发表了人类2号和4号染色体的全面注解的序列。这两个染色体一起共代表人类基因组估计大小的5%。2号染色体所含在遗传上活跃的序列在所有人类染色体中数量最大。就人类演化而言，2号染色体也是科学家们所特别感兴趣的，因为它是在人类和黑猩猩分化之后两个祖先染色体头对头融合的产物。

 

20050505

封面故事：变形虫“阿米巴”基因组完成测序
群居生活的变形虫“阿米巴”（Dictyostelium discoideum）在两种形态之间进行切换：一种是孤立的单细胞生物，另一种是能表现出高等真核生物典型的细胞分异和协作的多细胞形式。由于这个原因，也由于它能够用来进行实验研究，“阿米巴”成为了解细胞通信和分异方式的一种关键模型生物。现在，本期Nature发表了这种变形虫的完整基因组序列，同时还发表了对其基因组和蛋白组所做的分析。其基因组的特点包括有大量基因参与生成和输出小分子。该生物起源于真核生物演化的根部，这意味着，关于真核生物起源和分化的问题也可通过其基因组来研究。封面图片（由P. H. Dear & MRC Centre Visual Aids Depart提供）描绘的是该变形虫的多细胞形式。

 

20050512

自免疫疾病的致病机理和可能疗法
自免疫反应（在此过程中身体的白血球伤害自己的组织）引起很多疾病，包括糖尿病、多发性硬化和关节炎。免疫细胞为什么只以某些器官为目标？尤其是在糖尿病中，为什么只有产生胰岛素的细胞被杀死？对此，我们并不了解。现在，Nakayama等人报告，这可能是因为胰岛素本身是自免疫糖尿病的一个主要自体抗原。在NOD小鼠（研究糖尿病的标准动物模型）中，当胰岛素分子上产生自体抗体的部分被改变时，自免疫糖尿病会消失。这也说明，删除式免疫疗法可能是一种实用的疗法。这项工作可能的临床意义被另一项在人类慢性I-型糖尿病患者身上所做的研究工作证实。该研究发现，胰腺周围分泌淋巴液的淋巴节中的T-淋巴细胞专门识别一部分胰岛素蛋白。这一发现对糖尿病的特定抗原疗法和胰岛细胞移植方法的可能应用具有参考意义

 

20050602

“微RNA”在病毒生物学中的作用
“微RNA”（MicroRNA）是一大类别的非编码小RNA，长度约为22个核苷酸，它们被认为以其他基因为目标，并调节它们的表达。它们的调节作用已在低等生物中被发现。“微RNA”存在于包括人类在内的哺乳动物中，尽管它们在高等生物中的作用尚不清楚。现在，科学家发现它们在病毒生物过程中有一个功能。SV40病毒编码几个在猴子细胞感染后期所涉及的“微RNA”。这些“微RNA”通过减少多余的抗原生产来维持病毒复制效率。有人曾提出，哺乳动物体内的抑制性RNA系统的存在是为了防卫病毒的。这个实验说明正常情况下的抗病毒通道被病毒为了自己的目的破坏掉了。

20050609

癌症中“微RNA”的情况
“微RNA”是调节性的、非编码的RNA，约有22个核苷酸长，在人类中已经发现了200多种，它们的功能也正在被搞清楚。曾有人提出，像其他调节性分子一样，它们也许也参与肿瘤的形成，本期Nature上的3篇论文证实，事实的确是这样。研究表明，一组被称为miR17-92 的“微RNA” 是潜在的致癌基因。研究人员是通过其在人类B-细胞淋巴瘤的一种活体模型种的作用中得出这一结论的（Letter p. 828）。人类第13号染色体上的一组“微RNA”被发现是由c-Myc调节的，它是一种重要的转录因子，在很多人类癌症中都过度表达（Letter p. 839）。对300多人的“微RNA”的表达情况所做的一个分析表明，“微RNA”的情况在癌症诊断中可能是有价值的。在肿瘤中，“微RNA”的表达被普遍降低；“微RNA”的情况还可能反映肿瘤的起源和分化状态。（Letter p. 834; News and Views）

 

20050714

与心脏形成有关的一个“微RNA”目标
“微RNA”抑制在一系列物种中抑制重要的发育调节分子的转化。事实证明，要识别特定“微RNA”目标和了解它们在调节发育中的作用都很困难。现在，研究人员开发出一种算法，来根据已知“微RNA”/目标对的特点预测“微RNA”目标。以这种方法识别出的第一个目标是Hand2，它是促进心室心脏细胞增殖的一个转录因子。Hand2被miR-1-1当成目标，后者是一种专门在心肌和骨骼肌前体细胞中表达的“微RNA”。miR-1-1似乎在心脏形成过程中控制分异与增殖之间的平衡。、


固体肿瘤基因筛选的新方法
本期Nature上两篇论文报告了利用一种有效的新工具来研究固体肿瘤遗传学的研究工作。此前，对癌症基因进行前期基因筛选只是在造血系统中或在乳腺中才可能进行，采用的是鼠科的白血病病毒或乳腺癌病毒。新方法将前期筛选延伸到了固体肿瘤，利用的是一种被称为“睡美人”的转位子（跳跃基因）。当“睡美人”插进靠近一个潜在的癌症基因的一个染色体中时，肿瘤形成就会发生，该基因就可以被识别出来。

 

儿时脑子最好使
在人类和其他哺乳动物的大脑皮层中，在新生命出生后早期阶段，存在迅速的 信息联会，而后从青少年时期到成年时期，信息的联会大大减少。造成这种现象的机制我们并不知道。一般认为，经验导致联会数量的增加，这在新生命出生后早期 阶段肯定是正确的，但对处在青春期的年轻小鼠所做的研究却为我们描绘了一幅大相径庭的画面。长期的感觉剥夺可通过降低脊椎神经消除的速度来增加树状脊椎神 经的数量（从而增加联会连接的数量）。在生命的不同阶段，似乎一个个体的经验越多，其大脑中联会消失的也会越多。这些结果突出反映了儿童时期当大脑能够胜 任其工作的时候一个人的经验在塑造神经连接中的重要性。

 

20050728

人类的习惯记忆能力
习惯记忆是潜意识中掌握的，而且是慢慢地、通过试验和纠错掌握的。研究动 物的习惯记忆要比研究人类的习惯记忆容易，因为我们人类有将信息作为有意识的知识（明确的知识）获取的强烈倾向。然而，我们人类无意识学习的惊人能力是人 之所以为人的一个重要方面，这种能力可帮助完成很多日常任务。现在，可以证实，人类的确具有曾被怀疑具有的强大的习惯学习能力。在一项研究中，两个有大型“中颞叶”病灶和深度健忘症的患者被要求学会一个通常是通过有意记忆学习的知识。他们慢慢地学会了这个知识，其学习的方式就像猴子学习同一任务一样，并没有意识到他们所学的东西。这两个患者所学的知识是严格组织的，当知识的形式改变之后，他们就不知所措了。

 

20050811

系统生物学方法
线虫（Caenorhabditis elegans）胚胎形成过程的早期阶段，是验证“系统水平”的方法在了解生物学过程方面与传统的、以各个酶为对象的还原方法相比所具有的潜力的一个理想系统。Gunsalus等人，通过将关于蛋白彼此之间如何发生相互作用、基因如何表达、以及“敲出”数百个基因所产生效应等方面的信息结合起来，建立了一系列关于在驱动早期胚胎形成过程中所涉及的分子机器的模型，并且能够提出这些机器之间的功能联系。他们发现，10种以前未定性的蛋白在这些系统中有重要作用，并且演示了这些系统何以能将信息反馈进单反应实验中。

 

20050818

干细胞与端粒之间的联系
再生皮肤和血液等组织需要很高的细胞周转率，这种再生是通过高度调控的组织干细胞分裂进行的。对控制干细胞行为的基因和蛋白，我们仍然基本不了解，但现在，研究人员发现了干细胞功能和端粒酶的蛋白成分TERT之间的一个关键联系。有条件地激活皮肤上皮细胞中的TERT，会激发静止的毛囊干细胞，导致毛发迅速生长。这与TERT在延长端粒（保护染色体末端的帽子）中的作用明显不同，并可能成为治疗与组织损伤和衰老有关的疾病的新方法。

Nature

20050922

P53与衰老
2002年1月发表在Nature杂志上的一篇论文引起研究衰老和癌症的科学家的注意：有一个过度活跃的p53肿瘤抑制因子基因的突变小鼠对癌症有抵抗力，但令人吃惊的是，它们也表现出早衰的迹象。在对缺少一种名为Zmpste24的金属蛋白酶的突变小鼠身上所观察到的令人吃惊的加速衰老现象（与人类的某些早衰症状类似）背后的分子机制所做的一项研究中，研究人员对p53信号通道与衰老之间的联系做了进一步探索。这种蛋白酶的缺少诱发一个p53信号通道，同时伴随着细胞衰老的增加和在机体层次上的加速衰老现象

 

20051006

眼睛能够分泌性激素
性激素可由眼睛分泌的发现在性通信领域是件新鲜事。由外泪腺分泌的一种雄性特有的非挥发性缩氨酸在如面部装扮等物理接触过程中会转移到雌性的信息素传感器官中，刺激特定信息素受体神经元，引起电反应。雄性的“缩氨酸”是一个以前未被识别出的、由分泌的缩氨酸组成的多基因大家族的一员。尚待识别的雌性信号以类似的方式发挥作用，说明这些信息素通过特定求偶行为调控性通信，而这反过来又能确保正确的性识别和辨别。


类脂代谢与免疫系统之间的一种联系
免疫与类脂代谢之间的一个出乎意料的联系已被发现。在正常能量输送过程中的类脂运输中和在动脉硬化症的发病过程中起关键作用的“阿朴脂蛋白”，被发现在免疫系统中也扮演一个角色。这里，它们在T-细胞激发过程所需的由CD1调控的类脂抗原的表达中发挥一种特别的作用。这一发现对于研究微生物免疫、自免疫和动脉硬化等具有参考价值

 

20051020

“非编码DNA”并非“垃圾DNA”
现在是永远抛弃“垃圾DNA”这个术语或将其留给被证明没有用处的DNA的时候了。对于基因组中没有被翻译成蛋白质序列的那些部分，遗传学家喜欢用“非编码DNA”这个不是太武断的术语。关于它在疾病、发育和演化中的重要性有越来越多的证据。尽管如此，我们对作用于其上的演化力量仍然知之甚少。现在，一个最近才开发出的种群遗传方法显示，“黑腹果蝇”的多数非编码DNA要进行适应性演化和纯化选择。让我们吃惊的事情来自对果蝇物种所做的一个比较:物种之间在非编码DNA上的差异的很大一部分是适应性的，多数很可能是由积极选择驱动的。事实上，非编码DNA中有益取代的数量要比蛋白中有益取代的数量大一个数量级。非编码DNA明显包括基因调控中所涉及的顺位作用序列，所以这一发现也许证实了调控演化的巨大的重要性，以前人们只是凭直觉提出调控演化非常重要。

 

20051027

信号分子Wnt3对成年海马体产生神经元的影响
成年大脑中的神经干细胞/先驱细胞能够产生大脑中的两种主要细胞类型：神经胶质细胞（不是神经细胞）和活性神经细胞或称神经元。神经元只在大脑中两个区域产生。现在，研究人员发现了一个指示成年神经干细胞产生神经元而不是神经胶质细胞的蛋白家族。研究表明，信号分子Wnt3是在成年海马体（大脑中一个据信与学习过程和记忆形成有关的区域）中产生神经元的关键条件。这些研究结果最终也许可帮助开发修复由疾病或外伤引起的大脑损伤的治疗方法

 

20051110

封面故事：雄性果蝇的同性恋行为
果蝇的“无果实”基因首次被发现是因为突变的雄性表现出同性恋行为。它的基因产物在雄性和雌性之间有所不同，存在于整个中枢神经系统的各组神经元中，但没有发现明显的神经解剖差别。现在，研究人员在果蝇大脑中发现了雄性和雌性有所不同的表达“无果实”基因的一组神经元。这种差别是由主动除去雌性的神经前体细胞产生的。雄性特有的Fru蛋白抑制这种细胞程序死亡，使它们能形成一个神经回路，这个回路引导它们去追求雌性，而不是雄性。这个发现说明了一个特定的基因何以能够引导大脑发育以及随后的与性别有关的行为。在这个例子中，我们可以结合一个已经被发现的神经回路和“性别决定基因”的已经被确定的作用来理解性取向。本期封面所示为这一关键大脑区域中的神经元。

血清素的原始作用
在野外，线虫Caenorhabditis elegans（在 寿命研究中常用的一种实验室模型动物）的寿命可能会受到土壤细菌的致病感染的限制。现在，研究人员发现了线虫用来避开这些病原体的一个以前不知道的机制： 它能探测这些细菌的气味，并且通过激活在感染后增加调节性神经传输物质血清素含量的特定神经元，它还能够学会将这些细菌的气味与一种危险联系起来。在哺乳 动物体内，肠胃中血清素信号作用与化学疗法所造成的恶心有关，血清素受体是防止恶心的药物的主要作用目标。这些新的研究结果说明，血清素在指示肠道疾患中 的作用可能是原始的，是在动物漫长进化过程中保留下来的。

 

 

科学家积极探寻不用动物进行毒性试验的方法
定于2007年生效的欧盟的一项法令，可能要求制造商们必须对在如化妆品等日用品中所使用的数百种化学物质进行毒性试验。如果采用传统方法，将会大大增加要死在毒性试验中的动物的数量。所以，研究人员正在积极寻找合适的不用动物的毒性试验方法。

 

20051117

第一种已知与星细胞形成有关的蛋白
星细胞是组成大脑的三种主要细胞类型之一，但令人吃惊的是，我们对这些细胞在脑发育过程中是怎样形成的知之甚少。现在，研究表明，一种被称为SCL的蛋白（一种基本的螺旋－环－螺旋转录因子）给未成熟的神经干细胞下达指令，让其形成星细胞。SCL是第一种已知具有这种功能的蛋白，了解其功能，有可能为了解星细胞在如脑瘤、肌萎缩性(脊髓) 侧索硬化和阿尔茨海默氏症等人类神经疾病的发病过程中所起的作用提供线索

 

20051124

封面故事：“合成生物学”的发展
“合成生物学”是一个迅速发展的学科，本期Nature介绍该学科的发展情况。生物学家利用合成生物学方法来检验关于自然系统的模型，David Sprinzak 和 Michael B. Elowitz对此进行了讨论（Review Article p. 443）。Drew Endy讨论了工程师们所采用的方法，即把合成生物学看成是遗传工程和生物技术等技术手段的一种延伸（Review Article p. 449）。合成生物学能做的事情很多，但也存在风险。在一篇评论文章中，George Church要求合成生物学界从核物理学家和遗传学家过去所犯的表述错误中吸取教训，并立即行动起来，开发研究能够消除公众顾虑的保护措施（p. 423）。本期封面刊登的是从“Adventures in Synthetic Biology”中截取的一个画面，这个内容可在Nature网站上看到。

 

排除无关信息的能力对记忆力的影响
尽管环境中可能有几十个目标，但在任何一个给定的时间，我们的注意力仅仅 限于三、四个目标。由于注意力的这种极端有限性，我们需要能够控制什么东西可以进入我们的注意力范围内，以便只有环境中最相关的信息才可以消耗这种极为有 限的思想资源。在一项关于大脑活动的实验研究中，研究人员要求实验对象记住一些目标，忽略其他目标。实验结果表明，不同的人在将无关目标保持在注意力之外 的能力上有很大差别。这说明，我们的注意力并不只是由我们能注意到的东西决定的，而且还取决于我们将无关的东西排除在注意力之外的能力。这也意味着，一个 人的有效记忆容量并不只是简单地反映存储空间的大小，也就是说，一个人的记忆容量大小跟一个硬盘的记忆容量大小是不同的。一个人的有效记忆容量还能反映这 个人将无关信息排除在外、使其不占用大脑重要存储容量的能力。

 

20051201

由多粒子构成的量子纠缠态
薛定锷所假设的“猫”在同一时间既是活的又是死的，这是由于存在一个量子力学佯谬论，该佯谬论认为，一个体系在同一时间可处于两个或更多状态，即处于一个由纠缠态构成的“超级位置”。要通过实验生成这种状态非常困难，尤其是对由很多粒子构成的体系来说，因为与环境的相互作用会在一个被称为“去相干”的过程中破坏超级位置。到目前为止，研究人员只获得由少量原子或光子构成的纠缠态。现在，两个研究小组生成了迄今最大的纠缠态原子体系，从而将量子态工程的极限又向前推进了一步。来自美国科罗拉多州顽石城的“国家标准与技术研究所”的一个研究小组，利用被一个电磁场束缚在一个离子阱中的原子，生成了由金属铍的多达6个的原子构成的纠缠态（俗称猫状态）。第二个来自奥地利因斯布鲁克大学的研究小组，通过生成一个相关的纠缠态（即一个W-态）取得了一个类似的结果，他们所生成的纠缠态含有多达8个粒子。由于这些纠缠态是“按需”生成的，可以按比例放大到数量更多的粒子，所以研究人员希望，该技术能为建造大型量子计算机铺平道路。

 

酵母普遍磷酸化网络的第一代图谱
蛋白磷酸化涉及很多基本细胞过程的调控，所以它是蛋白组学所分析的一个主要目标。现在，研究人员利用蛋白组芯片技术获得了关于酵母普遍磷酸化网络的第一代图谱。他们发现了1300多种蛋白的相互作用，识别出了绝大多数酵母激酶的基质。这些酵母蛋白和通道中很多在其他真核细胞中被保留了下来，所以这一新的资源将可用来研究很多其他生物的蛋白磷酸化的机制。所有这些数据都可以一种可搜索的形式免费获取。


拮抗miRNA的药物及miRNA的功能
微RNA（miRNAs）、即被认为通过对基因表达的影响参与很多生物过程的非编码RNA的发现，正在改变我们对基因被调控的方式的认识。我们对它们在哺乳动物活体中的功能知之甚少，但新开发的一组能使小鼠的miRNA沉寂的化合物，可为研究它们的功能提供一个强大的工具，也可为使患者的miRNA沉寂提供一个潜在的治疗策略。被称为“antagomirs”的这些新试剂是通过化学方法合成的寡核苷酸，具有与天然miRNA形成互补的序列。对小鼠静脉注射拮抗miR-16、-122、-192 和 -194的“antagomirs”，会使肝脏、肺脏、肾脏、心脏、小肠、脂肪、皮肤、骨髓、肌肉、卵巢和肾上腺等中的相应的miRNA明显减少。（Letter p. 685）在蠕虫和苍蝇中，miRNA在胚胎中具有重要的发育作用。在脊椎动物中，各种不同的发育基因被发现是miRNA调控的直接目标，但此前还没有miRNA在已知的发育过程中起特定作用的例子。现在，这样一个例子已经被找到：miR196在小鼠胚胎中起一个防故障装置的作用，用来确保主要由Hoxb8 和 Shh转录因子调控的基因的准确表达。这一结果支持认为很多脊椎动物的miRNA的功能可能是二级基因调控的观点。

 

20051208

肿瘤细胞的转移机制
很多肿瘤有向特定器官转移的倾向。对将肿瘤细胞引向特定组织的机制，我们基本上不了解，但目前的观点是，它可能涉及肿瘤细胞本身所固有的分子差异，由免疫细胞和其他组织来调控。新的研究工作表明，还存在另一个可能性：骨髓中表达VEGFR1的造血前体细胞似乎会在肿瘤细胞到达特定地点前先为它们瞄准这些目标，通过形成特定的、让它们能够生存和繁殖的环境来为转移中的漫无目标的肿瘤细胞铺平道路。转移前生境（在其中，非癌细胞可促进未来的转移）的概念是一个新概念，它提出了这样一个可能性：以VEGFR1和相关分子为目标，有可能具有治疗价值

 

防止蛋白聚集的机制
蛋 白倾向于聚集在一起的问题是一个任何生命体系都必须克服的问题。对阿尔茨海默氏症和发病较晚的糖尿病等疾病所做的研究表明，如果蛋白的聚集不控制的话会发 生什么。抑制蛋白聚集的两个体系的物质（即分子伴护者和质量控制蛋白）已经受到广泛的研究，但关于氨基酸序列所承受的选择性压力对此会有什么作用我们仍然 知之甚少。现在，对巨型分子Titin所做的一项研究表明，多域蛋白的序列在演化过程中可能形成了减少误折叠和聚集的概率的本领。Titin非常适合此项研究，因为其成分“免疫球蛋白”域会展开，再重新折叠，该现象是肌肉活动的一个内在部分。研究结果表明，虽然来自不同生物的同样的“免疫球蛋白”域经常有约95%的序列身份，但在一个给定蛋白中的相邻域之间，序列身份只有约25%。计算表明，相邻域序列身份高于30-40%，可能会引起误折叠和不想要的域之间的聚集

 

20051215

“小神经胶质细胞”(microglia cell;microglia)传递疼痛信号的机制
神经病变性疼痛(neuropathic pain) 是所有疼痛中最让人难受的疼痛之一，经常是由一个周围神经受到损伤引起的，它取决于对一种被称为“小神经胶质细胞”的特定细胞类型的激发。这便提出了一个问题：“小神经胶质细胞”是怎样向脊髓痛觉神经细胞发出信号的？现在，Coull等人发现了被ATP激发的“小神经胶质细胞”(microglia)使脊髓神经细胞产生兴奋的生物物理机制。“小神经胶质细胞”释放来自大脑的神经营养因子，后者改变氯离子在脊髓的第一层中的神经细胞胞质膜两边的分布。这将导致神经传输物质GABA激发（而不是抑制）这些细胞，后者形成传递疼痛信号的一个主要通道的一部分

 

20051222

少突细胞(oligodendrocyte)中也存在NMDA受体
少突细胞是中枢神经系统白质中的细胞，它们产生和维持髓磷脂鞘，后者隔离携带脉冲的轴突。在脑瘫、脊髓损伤、中风和多发性硬化等多种疾病中，它们被神经传输物质谷氨酸盐破坏。人们普遍认为，与主要被在NMDA受体上发挥作用的谷氨酸盐杀死的神经细胞不同的是，少突细胞缺少这些受体，它们只被在AMPA/kainate受体上发挥作用的谷氨酸盐杀死。这种观点曾经引导了治疗策略，但看来该观点所依赖的关于谷氨酸盐受体类型的假设可能错了。本期Nature上发表的三篇论文令人信服地表明，在少突细胞中存在NMDA受体，而且在受伤和患病情况下它们也参与对这些细胞造成损害。这一发现将使我们重新关注NMDA受体，把它们作为各种不同神经疾病的治疗方法中一个重要的药物作用目标

Science

 

20050204

线粒体蛋白联系代谢与衰老

一项新研究说，一个与线粒体DNA有关的蛋白质有双重身份，它既是代谢调节因子，也是一个参与维护DNA的蛋白。这个名为顺乌头酸酶的蛋白“双功能性”的发现，为线粒体作为能量产生体的作用和线粒体DNA稳定性之间，以及线粒体疾病和衰老之间，提供了一个直接的联系。这些研究人员发现了与线粒体DNA有关的22个蛋白质，并研究了其中可能连接代谢和DNA维护的蛋白质。在真核生物的线粒体中，这些蛋白质与线粒体DNA集中在一起，形成一个被称为“拟核(nucleoid)”的遗传复合体。这些作者报告说，在特定的代谢条件下，需要顺乌头酸酶蛋白来维持线粒体DNA的稳定性，这个功能独立与该蛋白在克列伯氏循环(Krebs cycle)中的催化活动。这项工作提出，拟核也许以不同状态存在，要取决于它们所在细胞的代谢条件。
报告：Aconitase Couples Metabolic Regulation to Mitochondrial DNA Maintenance, Xin Jie Chen, Xiaowen Wang, Brett A. Kaufman, and Ronald A. Butow

 

20050211

克服应激的化合物

科学家发现了一个化合物，它能保护细胞不遭受应激死亡(stress-induced death)。被病毒感染、患糖尿病或老年痴呆症的细胞会发生应激死亡。Michael Boyce和同事筛选了19,000种化合物中，从中寻找保护大鼠细胞不遭受应激死亡的物质，找到了他们命名为salubrinal的一个小分子。研究人员能够显示salubrinal的作用是抑制一个具体应激(所谓的ER应激)所造成的细胞死亡，ER应激是细胞不能正确地折叠蛋白。不能折叠蛋白是很多不同的人类疾病的一个后果。如果不对其加以治疗，蛋白功能的丧失会在细胞中激活导致细胞程序性自杀的信号路径。在这项研究中，研究人员发现salubrinal激活一个叫elF2{alpha}的蛋白，该蛋白在ER应激下保护细胞。文章作者指出，进一步具体了解salubrinal如何工作也许能带来几种人类疾病的治疗方法。
报告：A Selective Inhibitor of eIF2{alpha} Dephosphorylation Protects Cells from ER Stress, Michael Boyce, et al

 

20050304

细菌的杀雄机制

一项新的研究解释了一个细菌如何有选择地杀死雄性果蝇，而不杀死雌性果蝇。Spiroplasma poulsonii是一种细胞内细菌，它由雌性果蝇传给后代，并在胚胎形成和发育过程中有选择地杀死雄性，研究人员研究了这个细菌。专杀雄性的细菌感染多种昆虫，在某些昆虫中，这些细菌能将雌雄性别比推到100:1。科学家报告说，果蝇编码“剂量补偿复合体”基因的任何突变，能增加雄性后代的成活率，表明细菌干预雄性果蝇使它们多余的X染色体失活的能力，这是果蝇决定性别的一个关键部分。文章作者写道，科学家对这些基因的已知信息应该能为杀雄机制提供进一步的了解。
报告：A Functional Dosage Compensation Complex Required for Male Killing in Drosophila, Zoe Veneti, Joanna K. Bentley, Takao Koana, Henk R. Braig, and Gregory D. D. Hurst

 

20050422

Clock基因突变的小鼠
带有控制昼夜节律基因的一个突变的小鼠表现出代谢疾病症状，意味着破坏正常的日夜时间保持也许有害健康。大多数生物体的行为有一个24小时的周期，被称为CLOCK的转录因子是这个昼夜节律的一个关键的分子调节因子。在过去的研究中，带有Clock基因突变的小鼠，在昼夜行为中表现出极度混乱。Fred Turek和同事现在报告说，这些有Clock基因变异的小鼠也过量进食，体重过重，还表现出代谢综合症的特征，包括血液中葡萄糖和脂肪水平增高。伴随代谢紊乱的是涉及食欲控制和能量平衡的神经肽表达的变化。这些结果提示，在哺乳类动物中，代谢和昼夜节律是协同调节的。这项工作也强调了在分子和行为水平保持正常的24小时周期对生物体健康的重要性。
科学特快报告：Obesity and Metabolic Syndrome in Circadian Clock Mutant Mice, Fred W. Turek, et al

 

人类细胞的病毒防御机制
法国研究人员发现，哺乳动物细胞能关闭入侵的病毒。当病毒感染细胞后，它把自己的基因插入细胞的基因组，这样在细胞复制时也生产许多的病毒拷贝。研究人员已经知道植物和昆虫用RNA干扰使病毒基因沉默，在这个过程中，小的RNA分子将自己插入到基因表达机器中使某个基因沉默。动物也将RNA干扰用在一个调节功能上：它们在发育过程中通过RNA干扰改变自己基因的表达。Charles Henri Lecellier和同事现在发现，人类细胞也用RNA干扰来阻碍一个侵袭哺乳类的病毒的积累。 这些发现显示，RNA干扰对直接的抗病毒作用和调节功能很重要。
报告：A Cellular MicroRNA Mediates Antiviral Defense in Human Cells, Charles-Henri Lecellier, et al.

 

20050715

细胞死亡影响的组织衰老

新研究指出，线粒体DNA突变也许通过导致不可替换细胞的死亡，驱动了某些组织的衰老。线粒体是为细胞提供能量的细胞器，它们有自己的、独立于细胞核的DNA。研究人员发现，哺乳动物衰老过程中，线粒体DNA的突变在组织中积累，但是这些突变如何影响衰老还不清楚。为了研究这个问题，G.C. Kujoth和同事用遗传工程改造了小鼠使它们高度积累线粒体DNA突变。与正常鼠相比，这些基因改造小鼠的寿命大为缩短，还表现出早衰的症状，比如听力下降、肌肉质量降低、以及组织功能异常等。令他们惊讶的是，不像目前的理论假设所预则的那样，这些影响似乎不是氧化应激增加的结果，而是细胞死亡增加的结果。
报告：Mitochondrial DNA Mutations, Oxidative Stress, and Apoptosis in Mammalian Aging, G. C. Kujoth, et al.

 

20050812

果蝇营养与卵巢发育的联系
新发现展示大脑中的某种肽如何帮助调节果蝇的卵巢发育，这些肽的信号随营养多少而变化。这些发现给一个人们了解甚少的现象：既来自一类组织以外的“远程”信号能改变该组织内干细胞的活动提供了线索，也帮助揭示了多细胞动物的营养水平能影响繁殖。研究人员已经知道，变成精子或卵子的生殖细胞的生长和它们周围的囊响应可获得营养的多少，而且大脑中产生的类似胰岛素的肽以某种方式参与了这个响应。但是他们不了解其中的细节。Leesa LaFever和Daniela Drummond-Barbosa现在展示，这些肽通过调节生殖细胞系干细胞分裂率和囊生长率，直接影响细胞系干细胞。与此相比，囊细胞不直接响应胰岛素信号，而是接收来自干细胞的信号以协调生长。
报告：Direct Control of Germline Stem Cell Division and Cyst Growth by Neural Insulin in Drosophila, Leesa LaFever and Daniela Drummond-Barbosa

 

20050826

抗衰老激素？
一项新研究的作者报告说，过渡表达Klotho基因能延长小鼠的寿命，他们提出Klotho蛋白有抗衰老激素的功能。这些研究人员中的几位过去曾报告过有Klotho基因表达缺陷的小鼠，表现出类似早衰综合症的症状。这些研究人员说，Klotho肽与一个细胞表面受体的结合，阻碍了一个控制寿命的、进化保守的机制，既胰岛素/胰岛素样生长因子1信号通道。人们已经知道，抑止胰岛素/胰岛素样生长因子1信号通道能延长线虫、果蝇、和小鼠的寿命。过去的研究曾发现人类KLOTHO基因的单核苷酸变异与寿命变化和患心血管病、骨质疏松症、中风等的风险的变化有联系。
报告：Suppression of Aging in Mice by the Hormone Klotho, Hiroshi Kurosu, et al.

 

重新编程成年干细胞
研究人员将成年皮肤干细胞与胚胎干细胞融合起来，显示了成年干细胞被重新编程回到胚胎状态。如果未来的试验揭示这个重新编程的状态能在取出胚胎干细胞DNA后持续（目前这在技术上还做不到），在理论上，这些杂交细胞也许能被用来产生适合个体的胚胎干细胞系，而不需要制造和破坏人类胚胎。Chad A. Cowan和同事将人类胚胎干细胞和被称为成纤维细胞的人类皮肤细胞合在一起，产生了同时含有成纤维细胞和干细胞染色体的杂交细胞。这些杂交细胞具有人类胚胎干细胞的外观、生长率、和其它特征。它们的行为也类似于干细胞，分化成在发育胚胎中形成的3种主要组织类型的细胞。文章作者的结论是，人类胚胎细胞在细胞融合后具有重新编程成年细胞染色体的能力。
报告：Nuclear Reprogramming of Somatic Cells After Fusion with Human Embryonic Stem Cells, Chad A. Cowan, Jocelyn Atienza, Douglas A. Melton, and Kevin Eggan

Science

20050902第一次读Journal就是Science non-coding RNA的专刊

RNA专题：测绘形态和功能
长期以来RNA一直不如DNA那样引人注目，但是这个状态正在改变。从生物化学的角度来看，RNA和DNA很相像，只是有一个不同的化学“字母”。RNA具有完成不同任务的能力，现在研究人员开始认识到RNA广泛的多样性。人们最了解的RNA类型是信使RNA（简称mRNA），它是按基因组的DNA模板在细胞核内组装出来的，没有遗传信息的序列在组装的过程中被排除，得到的是生成蛋白质的指令。mRNA分子然后迁移到细胞质中，那里的主要由RNA组成的、被称为核糖体的分子机器用mRNA的信息组装蛋白质。
但是，并不是所有的RNA都被翻译成蛋白。由RNA基因产生的非编码的RNA在翻译的过程中起关键的作用，也可能执行其他的任务。随着越来越多的非编码RNA的发现，人们更多地认识到我们对这些分子的功能知之甚少。有些非编码RNA是“小RNA”,它们能干扰基因表达，这也许能帮助解释象人类这样的复杂动物如何能有相对小的基因组。MicroRNA是一类小RNA，它们也许调节所有人类基因的三分之一以上。最后，象蛋白质但不象DNA，自然的RNA能催化生物化学反应。核糖体本身基本上是一个RNA酶，或称核糖酶。实际上，根据“RNA世界”的假说，在有细胞之前，RNA也许组成了最原始的生命形式，因为它能干DNA和酶的工作。
这个RNA专题部分介绍了新RNA研究的一些令人兴奋的成果，包括一组综述文章和“观点”文章，本期所有的生命科学类论文都是有关RNA研究的。
专题介绍：In the Forests of RNA Dark Matter, Guy Riddihough


丙肝病毒利用肝脏RNA
研究发现丙肝病毒似乎靠肝脏细胞产生的microRNA，这个发现也许能带来新的对付乙肝病毒的方法。MicroRNA是通过RNA干扰来调基因表达的小RNA分子。在这项新研究中，Catherine Jopling和同事显示，在肝脏中丰富表达的microRNA 122与丙肝病毒RNA基因组的非编码区域相互作用，肝脏是丙肝病毒复制的地方。这个相互作用导致丙肝RNA的增加，也可能导致病毒在肝脏的长期存在。将这个microRNA的活性去掉可能是一个有用的治疗丙肝的战略，全世界估计有1.7亿人被丙肝病毒感染。
报告：Modulation of Hepatitis C Virus RNA Abundance by a Liver-Specific MicroRNA, Catherine L. Jopling, MinKyung Yi, Alissa M. Lancaster, Stanley M. Lemon, and Peter Sarnow


越少的基因 越多的非编码RNA
本期两篇论文通过观测部分小鼠基因组从DNA到RNA的转录，为哺乳动物基因组的复杂性提供了详细的描述。这项研究旨在确定DNA到RNA转录的起始和终止位置，它证实了、也扩展了最近一些工作提出的转录过程具有高度变化性的观点。这个大的国际研究组还找到了新的编码蛋白和非编码的转录物，并发现非编码转录物比过去认为的要多。一篇相关的“观点”文章的作者写道，“小鼠基因组中令人惊讶的62%被转录”，在研究人员找到的181,000 个独立的RNA转录物中，约一半为非编码RNA。
在制造RNA过程中，从模板DNA转录的那链被称为“有义链”，另外那链被称为“反义链”。两篇新论文中的第二篇提出，反义转录比过去的研究所估计的要常见的多。这些研究人员报告说，70%以上的测绘出的RNA转录单元，与来自DNA的相对应链的转录物有某种程度的重复。此外，研究人员还发现打乱反义RNA能改变相应的有义mRNA的表达，这意味着RNA的反义链在哺乳动物转录控制上起作用。Jean-Michel Claverie在“观点”文章中写道：“转录不再是一个简单的过程，它将会变得多复杂呢？”
报告：The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome, The FANTOM Consortium, P. Carninci, et al.
报告：Antisense Transcription in the Mammalian Transcriptome, RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group) and the FANTOM Consortium, S. Katayama, et al.
观点：Fewer Genes, More Noncoding RNA, Jean-Michel Claverie


非编码RNA的作用
看来基因组中所包括的非编码RNA比过去认为的要多很多，这就提出了一个问题：这些非编码分子的作用是什么? Aarron Willingham和同事通过寻找进化保守，用一大批基于细胞的RNA干扰试样，发展了一个识别功能非编码RNA的方法。他们分析了名为NRON的非编码RNA，这是转录因子NFAT的一个阻抑物，NFAT在某种类型的免疫响应以及心脏、维管结构、肌肉结构、和神经组织的发育中是必要的。在一篇相关的“观点”中，John Mattick 写道，非编码RNA转录的程度之广，很可能人类基因组的被称为“杂物”DNA的大部分是通过RNA起作用的。
报告：A Strategy for Probing the Function of Noncoding RNAs Finds a Repressor of NFAT, A. T. Willingham, et al.


人类和黑猩猩的进化
研究人员用即将发表的黑猩猩基因组序列数据，分析了遗传物质随时间的变化在人类和黑猩猩从他们的共同祖先分离的过程中所起的作用。Svante Paabo和同事比较了人类和黑猩猩的基因表达模式以及大脑、心脏、肝脏、肾脏、和睾丸中相应的基因序列。他们发现基因序列和它们的表达模式以类似的方式进化，而且这一人类和黑猩猩的进化在总体上与分子进化的“中性学说”相符合。根据这个学说，遗传变化中的大部分既没有正面作用也没有反面作用，但是它们通过一个叫“遗传漂移”的过程也被传给后代。但是在睾丸表达的X染色体上的基因表现出“正选择”的证据。正选择指基因的变异看来给人类和黑猩猩的祖先带来了优势。尽管大脑中的基因表达与其它分析了的组织中的基因表达的变化少，但是研究人员发现大脑中的基因在人类比在黑猩猩积累了更多的变化，意味着大脑在人类进化中有特殊作用。
科学特快报告：Parallel Patterns of Evolution in the Genomes and Transcriptomes of Humans and Chimpanzees, Philipp Khaitovich, et al.

 

20051007

选择与被操纵
研究人员报告说，当我们选择一样东西，但得到另一样时，我们很容易地被说服相信我们选择了所得到的东西。虽然有关决策的理论通常假设我们能认识到我们的意图和我们选择结果的不符，但是Petter Johansson和 同事发现，这个假设不一定正确。他们让志愿者看两张女性的面部照片，并指出哪张面孔更有吸引力。然后研究人员将选择出的照片给志愿者，让他们解释他们为什 么做出这样的选择。对一些志愿者，研究人员偷偷地用没有被选的照片替换了被选择的照片。虽然如此，志愿者在大多数情况下还是解释了他们所得到的照片。文章 作者称这个现象为“选择盲目”，并指出该现象“警示了把意图的技术概念与常识过于密切地联系起来的危险”。
报告：Failure to Detect Mismatches Between Intention and Outcome in a Simple Decision Task, Petter Johansson, Lars Hall, Sverker Sikstrom, and Andreas Olsson

 

20051014

热量限制与长寿的联系
从酵母到哺乳类动物，降低热量摄取能延长生物体的寿命。一项新研究为经受了3到12个月热量限制的小鼠身上发生了什么提供了线索。当小鼠的热量摄取降低30%到40%时，它们血管内部表面的细胞更多地生产一种酶，这种酶制造一个重要的信号分子：一氧化氮。此外，这些血管表面的内皮细胞还增加了一个叫cGMP的细胞内信使的形成，Enzo Nisoli与他的意大利和英国的同事说。与这些变化同时发生的还有新线立体的生产、氧耗增加、ATP的生产、以及一个过去被发现与热量限制和寿命的联系有关的蛋白(sirtuin 1)的表达。这些效应在缺少内皮一氧化氮合成酶的变异小鼠身上大为降低。所以文章作者说，一氧化氮在热量限制引发的过程以及哺乳动物寿命延长上可能起作用。
报告：Calorie Restriction Promotes Mitochondrial Biogenesis by Inducing the Expression of eNOS, Enzo Nisoli, et al.

 

20051209

哺乳动物热量限制的基因基础
本期一篇简报指出，热量限制喂食的小鼠增加体力活动需要Sirt1基因，这是Sir2基因的哺乳动物版本，芽殖酵母和果蝇由热量限制带来的长寿需要有Sir2基因。这项工作为哺乳动物中热量限制作用的基因基础提供了初步的线索。热量限制现象在酵母、果蝇、线虫中已被深入地研究，热量限制使动物产生各种生理和行为的变化，从体力活动的增加到寿命的延长。但是，这些变化的基因基础在哺乳动物中还不太清楚。Danica Chen和同事发现，喂给正常小鼠通常食物量的60%使这些小鼠的活动增加。但是，缺少Sirt1基因的小鼠喂热量限制的饮食不增加活动量。研究人员说，“确定Sirt1基因是否调节其他热量限制的作用，比如延长寿命，将是有趣的工作。”
简报：Increase in Activity During Calorie Restriction Requires Sirt1, Danica Chen, Andrew D. Steele, Susan Lindquist, and Leonard Guarente